Top 5 logiciels de facturation & comptabilité pour indépendants suisses

Quel logiciel de comptabilité choisir quand on est indépendant en Suisse? Mon comparatif honnête des 5 meilleurs outils, classés selon votre profil.

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Nathan Ganser

Founder of Magic Heidi

En cette période d'IA, ChatGPT, Claude etc... Je me suis dit que j'allais faire un truc un peu fou, un peu rétro, et écrire un article de blog moi-même, à la main. C'est parti!

J'ai été indépendant suisse pendant plusieurs années et ai donc accumulé un peu d'expérience dans le milieu. De plus, depuis le lancement de ma boîte Magic Heidi, j'ai parlé avec des centaines d'indépendants suisses et entendu toutes les histoires possibles concernant la plupart des logiciels de compta et de facturation disponibles en Suisse pour avoir une bonne vue d'ensemble sur la situation et donner un avis informé et utile sur la question: quel logiciel choisir pour mon activité.

Les 4 catégories d'indépendants

Et toi? T'es quel genre d'indépendant? Voyons ensemble, dans les grandes lignes, les 4 catégories d'indépendants que j'ai rencontrées.

Le petit indépendant pragmatique

C'est l'indépendant qui gagne moins de 100k par année et qui veut faire les choses bien, mais de manière efficace, sans y passer des heures. Il ne se considère pas comptable et ne prend pas de plaisir à jouer dans Excel pendant des heures. Il a délégué sa compta à une fiduciaire par le passé (ou y a songé) mais trouve que c'est quand même ridicule de payer autant, surtout qu'il doit quand même faire beaucoup de travail: scanner/organiser les dépenses, classer les factures, etc. pour tout envoyer à la fiduciaire.

Le petit indépendant qui voulait être fiduciaire

Cet indépendant, je l'adore. C'est la personne très sérieuse qui veut absolument suivre un plan comptable pour PME, c'est la personne qui prend plaisir à la complexité, qui veut amortir l'achat de son MacBook mais idéalement à un taux dégressif plutôt que linéaire pour "vraiment bien" représenter le changement de valeur. L'indépendant qui veut absolument une connexion directe avec son compte bancaire pour importer les 3 paiements qu'il reçoit par mois.

C'est l'indépendant qui veut toutes les fonctionnalités d'un logiciel pour PME: comptabilité double, actifs, passifs et idéalement encore intégrer la gestion de la maison qu'il possède dans le logiciel, mais il trouve les logiciels pour PME quand même un peu chers et pas aussi simples que souhaité, alors il veut un logiciel pour indépendant.

L'indépendant qui a réussi

C'est l'indépendant qui gagne plus de 100k, mais moins de 500k, sans employés. Ses collaborateurs sont d'autres indépendants qui le facturent, donc il n'a pas besoin de s'embêter avec des fiches de salaires. Chaque facture qu'il reçoit est simplement une nouvelle dépense. Il veut quelque chose de simple et de professionnel qui lui permet de faire sa déclaration d'impôts, de gérer ses déclarations TVA et c'est tout. Il n'a pas besoin de fonctionnalités super complexes pour l'import de produits depuis un pays hors UE pour lesquels il faut encore payer des taxes qui seront ensuite remboursées etc...

L'indépendant qui est déjà une PME

Il a commencé il y a plusieurs années comme indépendant mais entre temps il a fondé une Sàrl, a quelques employés et comprend que le principal dans son métier, c'est son métier (et non pas la compta).

Sa fiduciaire lui a dit qu'il fallait passer à un logiciel sérieux mais il déteste ce logiciel et veut continuer à utiliser quelque chose de simple, après tout, il s'en fiche de connaître sa profitabilité par client. Il veut continuer à vendre son service, envoyer ses factures et être payé: basta!

Le logiciel idéal

Voyons maintenant quel est le logiciel idéal, selon moi pour chaque type d'indépendant défini précédemment. Pour faire mon choix et prendre ma décision, j'ai sélectionné quelques critères de base, des "sine qua non" sans lesquels je considère que le logiciel n'en vaut déjà pas la peine.

4 critères donc, rien de fou en soi: disponible dans votre langue, existe depuis quelques années, au moins quelques avis sur différents sites et une application mobile complémentaire au logiciel principal... Et bien en pratique, vous verrez qu'il ne reste pas grand chose en termes d'options pour indépendants suisses...

Le logiciel idéal pour petit indépendant pragmatique

Magic Heidi est le logiciel de comptabilité idéal pour indépendants suisses pragmatiques. Conçu pour être simple d'utilisation (il requiert par exemple le moins de clics de tous les logiciels suisses pour créer un compte et envoyer une facture).

Vous pouvez tout faire: factures avec QR-facture suisse conforme, offres, rappels de paiements, factures en monnaies étrangères, facturation à l'heure, scan et catégorisation de vos dépenses, import des transactions bancaires, export des données en format conforme pour la déclaration d'impôts, liste clients — le logiciel fait tout ce dont un petit indépendant a besoin, simplement parce qu'il a été conçu pour ça.

Ce qu'il ne fait pas: fiches de salaires, gestion de projets complexes, pipeline/CRM client, comptabilité double, procédés comptables complexes, ...

Finalement, vous avez un support client par téléphone disponible à toute heure et évidemment aussi par email - donc si vous avez un souci ou une question, c'est toujours rapidement résolu.

Pour un petit indépendant pragmatique, c'est parfait. Peu de temps passé à faire sa compta, les factures se font facilement, les dépenses sont uploadées et scannées par l'IA automatiquement et vous pouvez exporter un Excel avec toute votre compta, propre à tout moment ainsi qu'une archive complète de tous vos fichiers. Vous vous occupez principalement de votre business, et le logiciel fait le reste.

Magic Heidi

Lancé il y a 4 ans

Disponible en français, allemand, italien, anglais, espagnol et portugais

Disponible sur Mac, Windows, Web, iPhone & Android

+60 reviews sur Google Maps, +20 reviews sur Trustpilot, +50 avis sur les App Stores et 10 reviews sur G2/Capterra

Le logiciel idéal pour petit indépendant qui voulait être fiduciaire

J'ai rencontré plusieurs de ces indépendants qui aiment la complexité, même quand ce n'est pas nécessaire. Par exemple cette indépendante qui voulait mener une comptabilité double (donc beaucoup plus complexe) pour sa raison individuelle, alors que ce n'est pas requis légalement et qu'une comptabilité simple (entrées / sorties) suffit pour une raison individuelle.

Ou alors cet indépendant qui voulait catégoriser ses dépenses, puis sous-catégoriser puis sous-sous-catégoriser. Il y a aussi eu cet indépendant qui avait reçu deux taux TVA (il était sous le régime TVA forfaitaire) car son entreprise est active dans deux secteurs différents avec des taux de profitabilité moyens très différents. C'était un autre exemple où nous avons dû dire: "désolé, là c'est tellement rare que ça n'a pas de sens pour nous de développer une fonctionnalité juste pour vous qui complexifierait la vie de 99% de nos clients".

Souvent, ces indépendants utilisent déjà bexio et lorsque bexio augmente de nouveau les tarifs de leurs abonnements, ils cherchent une alternative qui fait tout comme bexio, mais moins cher et malheureusement, ça n'existe pas. Ces indépendants devraient (et c'est souvent ce qu'ils font en fin de compte) rester chez bexio.

🏢 bexio

  • Lancé il y a 20 ans
  • Disponible en français, allemand, italien, anglais
  • Disponible sur Web, iPhone & Android
  • +1000 reviews sur Google Maps, +300 reviews sur Trustpilot, +100 avis sur les App Stores et 40 reviews sur G2/Capterra (malheureusement souvent de mauvaises reviews)

Le logiciel idéal pour l'indépendant qui a réussi

Cet indépendant est enregistré à la TVA et veut garder la simplicité de sa vie d'avant (quand il gagnait moins de 100k/an), tout en respectant les règles du jeu et donc tout en payant sa TVA comme il faut.

Magic Heidi contient toutes les fonctionnalités nécessaires pour encaisser et facturer avec la TVA (vous pouvez même ajouter plusieurs taux de TVA dans la même facture), tout pour comptabiliser combien de TVA a été payée (vous pouvez ajouter la TVA aux dépenses et même indiquer les dépenses ou factures non soumises à la TVA) et finalement vous avez un tableau qui contient toutes les informations pour copier-coller vos données TVA depuis Magic Heidi dans le ePortail de la Confédération suisse.

🥇 Magic Heidi

  • Lancé il y a 4 ans
  • Disponible en français, allemand, italien, anglais, espagnol et portugais
  • Disponible sur Mac, Windows, Web, iPhone & Android
  • +60 reviews sur Google Maps, +20 reviews sur Trustpilot, +50 avis sur les App Stores et 10 reviews sur G2/Capterra

Le logiciel idéal pour l'indépendant qui est déjà une PME

L'indépendant qui est devenu une PME a deux challenges quand il s'agit de garder sa comptabilité simple comme au bon vieux temps quand il était tout seul dans sa boîte:

  1. Les Sàrl requièrent une comptabilité double: il faut donc comprendre ce qu'est un actif, un passif, un bilan comptable, etc...
  2. Chaque employé veut son salaire: ce n'est plus simplement une dépense payée, c'est un salaire avec des charges, des impôts, de la sécurité sociale, etc... qu'il faut payer.

L'avantage d'une PME, c'est que l'indépendant a un peu plus de budget et peut se permettre de travailler avec une fiduciaire pour les comptes de son entreprise. La fiduciaire va évidemment recommander bexio (le logiciel permet toutes les opérations complexes dont un comptable rêve), mais puisque c'est toujours encore l'entrepreneur, l'indépendant qui va utiliser le logiciel au quotidien, il est plus simple d'utiliser Magic Heidi.

Mais cette fois, au lieu de faire la déclaration d'impôts soi-même (ce qui n'est plus possible maintenant qu'il faut un bilan des comptes, une comptabilité double, ...), l'indépendant donne accès à Magic Heidi à son comptable, qui exporte les comptes en Excel, et s'occupe de transformer la comptabilité simple en comptabilité double (ils le font généralement pour 1'000-1'500 francs, notre IA le fait pour 500).

Puis pour les salaires, il existe plusieurs logiciels qui s'occupent de toute la paperasse, et l'indépendant importe ensuite simplement le salaire brut payé comme une dépense dans Magic Heidi, ou alors, le comptable s'en charge en plus de la déclaration d'impôts.

🥇 Magic Heidi

  • Lancé il y a 4 ans
  • Disponible en français, allemand, italien, anglais, espagnol et portugais
  • Disponible sur Mac, Windows, Web, iPhone & Android
  • +60 reviews sur Google Maps, +20 reviews sur Trustpilot, +50 avis sur les App Stores et 10 reviews sur G2/Capterra

Les autres logiciels

Voici trois autres logiciels qui ne remplissent malheureusement pas les critères de base, mais qui, je pense, sont intéressants à mentionner et que je suis fier d'avoir comme concurrents.

Le logiciel idéal pour l'indépendant d'une micro-PME suisse allemande

Milkee est développé par un bon ami à moi (ce n'est qu'en Suisse que l'on peut être ami, et concurrent en même temps!) et cible uniquement le marché suisse allemand. C'est une solution idéale pour les indépendants et les petites PME car le logiciel essaie de rester aussi simple que possible, tout en offrant une comptabilité double à ses clients. Il a récemment ajouté la possibilité de créer des fiches de salaires, donc une petite PME peut utiliser ce logiciel et tout faire à la main.

🐮 Milkee

  • Lancé il y a 5 ans
  • Disponible en allemand
  • Disponible sur Web, iPhone & Android
  • +80 reviews sur Google Maps

Le logiciel idéal pour les startups suisses allemandes

Le seul autre logiciel avec bexio et Magic Heidi qui a un site disponible dans toutes les langues suisses, mais le logiciel lui-même n'est malheureusement qu'en allemand. Il leur manque une application mobile, et il n'y a presque pas de reviews disponibles sur les différentes plateformes comme Google Maps, Trustpilot, Capterra, etc...

C'est un logiciel qui surprend car ils ont l'air d'avoir beaucoup de clients, ont reçu plusieurs tours de financements, sont présents à tous les événements startups de Suisse, ont des partenaires de marque mais n'ont presque pas de reviews en ligne et à chaque fois que j'essaie leur logiciel, je n'arrive simplement pas à faire des choses simples comme créer une facture ou télécharger une dépense, la faire scanner par IA et l'enregistrer. Ils se proposent comme l'alternative moderne à bexio et je leur souhaite de réussir (j'aime le fait qu'ils ont un compte TikTok!) mais je ne comprends pas le produit pour l'instant :/

♾️ Infinity.swiss

  • Lancé il y a 4 ans
  • Disponible en allemand
  • Disponible sur Web
  • +5 reviews sur Google Maps

Le logiciel idéal pour l'indépendant à sec

Swiss21, c'est le branding le plus compliqué au monde, et c'est dans ces moments que je réalise que je suis encore très jeune car les indépendants qui m'ont parlé de ce logiciel le nomment toujours AbaNinja (qui semble avoir été le nom précédent de ce logiciel, avant qu'ils se fassent racheter). Il est notable car il propose une version gratuite généreuse qui permet à beaucoup d'indépendants d'utiliser leur solution sans avoir à payer.

Le fait que le logiciel soit intégré dans leur suite de produits rend l'utilisation plus complexe et je suspecte le service client (au vu des reviews) de ne pas être présent (ce qui a du sens quand on offre un produit gratuit!) et de manière générale, il me semble que le logiciel est plus adapté aux PME (ils se décrivent eux-mêmes comme un ERP - 3 lettres qui devraient faire peur à tout indépendant).

Mais comme solution gratuite, c'est mieux que Magic Heidi, qui n'offre que 3 factures et 3 dépenses dans la version gratuite :)

🆓 Swiss21 (AbaNinja)

  • Lancé il y a 9 ans
  • Disponible en allemand, français et italien
  • Disponible sur Web
  • +200 reviews sur Google Maps, 15 reviews sur Trustpilot (reviews très négatives sur Trustpilot)
Comparatif

Les 5 logiciels en un coup d'œil

Mêmes critères, côte à côte: à vous de voir lequel colle à votre profil.

CritèreMagic HeidibexioMilkeeInfinity.swissSwiss21
Idéal pourLa plupart des indépendantsIndépendants « pro-compta » & PMEMicro-PME suisses allemandesStartups suisses allemandesCeux qui veulent du gratuit
Lancé il y a4 ans20 ans5 ans4 ans9 ans
LanguesFR, DE, IT, EN, ES, PTFR, DE, IT, ENDEDEDE, FR, IT
Application mobile
PlateformesMac, Windows, Web, iPhone, AndroidWeb, iPhone, AndroidWeb, iPhone, AndroidWebWeb
Avis Google Maps+60+1000+80+5+200

Pour conclure

Voilà, c'était mon petit article écrit à la main, sans IA (enfin presque — l'IA scanne quand même vos reçus dans Magic Heidi 😉).

Si je devais résumer: la plupart des indépendants suisses se compliquent la vie pour rien. Sous 500'000 CHF, restez simples. Choisissez le logiciel le plus simple qui fait quand même tout ce dont vous avez besoin — factures QR, TVA, dépenses, export pour les impôts — et passez le temps gagné à faire votre vrai métier.

Pour la grande majorité des indépendants suisses, ce logiciel c'est Magic Heidi. Mais maintenant vous savez aussi quand bexio, Milkee ou Swiss21 sont de meilleurs choix pour votre situation, et c'est ça qui compte vraiment.

Le plus simple pour vous faire une idée: essayez par vous-même, créez votre première facture, et voyez si ça vous fait gagner du temps. Et si vous avez une question, écrivez-moi — je réponds vraiment.

FAQ

Questions fréquentes

Ai-je vraiment besoin d'un logiciel de comptabilité en tant qu'indépendant?

Pas forcément, mais ça vous fait gagner un temps fou. Légalement, en dessous de 500'000 CHF de chiffre d'affaires, une raison individuelle peut tenir une comptabilité simplifiée (recettes, dépenses, patrimoine) — voir l'art. 957 du Code des obligations. Un bon logiciel fait simplement cette compta simplifiée à votre place, proprement, sans Excel bricolé un dimanche soir.

Un indépendant doit-il tenir une comptabilité double?

Non, pas en raison individuelle sous 500'000 CHF de chiffre d'affaires: une comptabilité simple (entrées / sorties) suffit. La comptabilité double ne devient obligatoire qu'à partir de 500'000 CHF, et pour les Sàrl et SA quel que soit le chiffre d'affaires.

Quel est le meilleur logiciel de comptabilité gratuit en Suisse?

Swiss21 (ex-AbaNinja) a la version gratuite la plus généreuse du marché suisse. Magic Heidi a aussi un plan gratuit pour démarrer. Méfiez-vous quand même: le « gratuit » a toujours des limites, souvent sur les fonctionnalités ou le support, alors regardez ce qui est vraiment inclus avant de choisir.

Dois-je facturer la TVA en tant qu'indépendant?

Seulement à partir de 100'000 CHF de chiffre d'affaires annuel. En dessous, vous n'êtes pas obligé de vous inscrire à la TVA (les détails sont sur le site de l'Administration fédérale des contributions). Une fois inscrit, un bon logiciel ajoute la TVA automatiquement et prépare votre décompte à votre place.

La QR-facture est-elle obligatoire en Suisse?

Oui. Depuis le 30 septembre 2022, la QR-facture a remplacé les anciens bulletins de versement (les BVR rouges et oranges). Tout logiciel sérieux en 2026 génère des QR-factures conformes — c'est même un bon test pour éliminer les outils dépassés.

Puis-je faire ma compta moi-même, sans fiduciaire?

Oui, et la plupart des indépendants sous 500'000 CHF le font très bien. Tant que vous gardez vos factures et vos justificatifs au propre toute l'année (utilisez Magic Heidi!), votre déclaration d'impôts se fait sans douleur. La fiduciaire devient vraiment utile quand vous passez en Sàrl, engagez du monde, ou que la comptabilité double entre en jeu.

Essayez par vous-même

Créez votre première facture et voyez si Magic Heidi vous fait gagner du temps. Une question? Écrivez-moi, je réponds vraiment.