Le top 5 comparé
Les mêmes critères pour les cinq. Données selon les éditeurs et les plateformes d'avis, vérifiées en septembre 2026.
| Logiciel | Idéal pour | Langues | App et plateformes |
|---|---|---|---|
| Magic Heidi | La plupart des indépendants | DE, FR, IT, EN, ES, PT, RM | ✓ iPhone, Android, Mac, Windows, Web |
| bexio | Passionnés de compta et PME | DE, FR, IT, EN | ✓ Web, iPhone, Android |
| Milkee | Micro-PME alémaniques | DE | ✓ Web, iPhone, Android |
| Infinity.swiss | Start-up alémaniques | DE | ✗ pas d'app, Web uniquement |
| Swiss21 (AbaNinja) | Qui veut démarrer gratuitement | DE, FR, IT | ✗ pas d'app, Web uniquement |
Le top 5 testé : un verdict par logiciel
J'ai été indépendant en Suisse pendant des années et je parle de leur logiciel avec des centaines d'indépendants. Oui, j'ai un parti pris. D'où quatre critères minimaux, les mêmes pour les cinq.
3+ ans sur le marché
Pour que le logiciel existe encore demain.
10+ avis
Positifs, sur 2 plateformes au moins : utilisateurs satisfaits et vrai support.
Allemand + français
La Suisse est multilingue, et beaucoup d'indépendants ont des clients des deux côtés.
App mobile
Pour envoyer un devis ou cocher un paiement en déplacement.
Seuls Magic Heidi et bexio remplissent les quatre. Milkee, Infinity.swiss et Swiss21 en manquent au moins un, mais conviennent quand même à certains profils.
1. Magic Heidi : pour les indépendants pragmatiques
Verdict : Le logiciel de comptabilité le plus simple du test, conçu pour les raisons individuelles qui veulent facturer vite et passer le moins de temps possible sur la compta.
Factures QR, devis, rappels de paiement automatiques, scan de justificatifs par IA, connexion bancaire et un export Excel avec tous les justificatifs pour ta déclaration d'impôt. Si tu es assujetti à la TVA, tu factures plusieurs taux sur la même facture et tu reportes les chiffres par copier-coller dans l'ePortal de l'AFC. Pas inclus : salaires, comptabilité double, CRM et gestion de projets.
Sur le marché : depuis 2023 · Prix : gratuit pour 3 factures et 3 justificatifs (au total), puis CHF 24.99 par mois en abonnement annuel ou CHF 39 au mois, TVA incluse · Avis : 4.8★ sur 207+ avis publics, dont 98 sur l'App Store, 66 sur Google, 21 sur Trustpilot, 12 sur G2/Capterra

2. bexio : pour les passionnés de compta et les PME
Verdict : Le logiciel le plus complet du comparatif. Le bon choix pour les PME avec des employés et pour tous ceux qui veulent vraiment une comptabilité financière avec bilan.
Comptabilité financière avec bilan et compte de résultat, e-banking, accès pour le fiduciaire et salaires en module complémentaire. Si tu as vraiment besoin de tout ça, tu ne trouveras pas de copie moins chère de bexio. Sinon, tu paies bexio pour des modules que tu n'ouvriras jamais.
Sur le marché : depuis plus de 10 ans · Prix : CHF 35 à 119 par mois en abonnement annuel, hors TVA, état septembre 2026 (toutes les formules) · Avis : 1'000+ sur Google Maps, 300+ sur Trustpilot, 100+ dans les app stores, 40 sur G2/Capterra, dont beaucoup de critiques
3. Milkee : pour les micro-PME alémaniques
Verdict : Aussi simple que possible, avec pourtant la comptabilité double et désormais les salaires. Idéal pour une petite équipe en Suisse alémanique.
Milkee est développé par un bon ami. Il n'y a qu'en Suisse qu'on peut être ami et concurrent à la fois. Seul bémol pour ce comparatif : Milkee n'existe qu'en allemand.
Sur le marché : depuis environ 5 ans · Avis : 80+ sur Google Maps
4. Infinity.swiss : pour les start-up alémaniques
Verdict : Se positionne comme une alternative moderne à bexio pour les entreprises en croissance. Dans le test de clics, la facture seule a demandé 55 clics, plus que dans n'importe quel autre outil.
Le site existe dans toutes les langues nationales, le logiciel uniquement en allemand, et il n'y a pas d'app mobile. Malgré plusieurs tours de financement, on ne trouve presque aucun avis d'utilisateurs en ligne.
Sur le marché : depuis environ 4 ans · Avis : 5+ sur Google Maps
5. Swiss21 (AbaNinja) : pour les petits budgets
Verdict : La version gratuite la plus généreuse de Suisse. En tant que solution purement gratuite, meilleure que Magic Heidi, qui n'offre gratuitement que 3 factures et 3 justificatifs.
Beaucoup le connaissent sous le nom d'AbaNinja : la formule Starter comprend jusqu'à 1'000 documents par an, la reconnaissance automatique des justificatifs 10 par mois. En tant que suite ERP, Swiss21 est plus compliqué à utiliser pour un indépendant.
Sur le marché : depuis environ 9 ans · Prix : Starter gratuit, Basic CHF 21 par mois, hors TVA, état septembre 2026 · Avis : 200+ sur Google Maps, 15 sur Trustpilot (très négatifs)
Test des logiciels de comptabilité : chaque clic compté
En janvier 2026, nous avons compté les clics dans six outils suisses pour trois tâches, chaque test filmé à l'écran. Milkee et Swiss21 ne faisaient pas partie de ce test.
| Logiciel | Total | Facture | Dépense | Onboarding |
|---|---|---|---|---|
| 1. Magic Heidi | 33 | 15 | 6 | 12 |
| 2. Simplino | 55 | 10 | 15 | 30 |
| 3. bexio | 69 | 15 | 19 | 35 |
| 4. CashCtrl | 77 | 15 | 27 | 35 |
| 5. Infinity | 95 | 55 | 20 | 20 |
| 6. Smallinvoice* | 108 | 40 | 33 | 35 |
Les trois tâches : créer une facture QR conforme, saisir une dépense avec justificatif et l'onboarding, de l'inscription jusqu'à être prêt pour la première facture. Avec 10 à 20 factures par mois, c'est la facilité d'utilisation qui décide si la compta te prend 20 minutes ou une demi-journée. Le 1er rang signifie seulement : le moins de clics pour les mêmes tâches.
*Smallinvoice : impossible d'activer la facture QR dans notre scénario de test. C'est un résultat de test, pas un jugement sur l'ensemble du produit.
Les vidéos pour recompter toi-même : Magic Heidi · Simplino · bexio · CashCtrl · Infinity · Smallinvoice
Champions des tests allemands ? Mauvais pays.
Qui cherche un comparatif de logiciels comptables tombe vite sur des tests allemands. Leurs gagnants sont faits pour le fisc allemand, pas pour la Suisse.
sevdesk
Selon sevdesk.ch, conçu pour les entreprises établies en Allemagne ou en Autriche.
Lexware Office
Anciennement lexoffice. Un bon logiciel, mais en euros, avec ELSTER et EÜR.
WISO MeinBüro
Le vétéran de Buhl, entièrement tourné vers le fisc allemand.
BuchhaltungsButler
Très automatisé, mais GoBD et DATEV.
Papierkram
Fort en saisie du temps, mais EÜR allemand au lieu de la TVA suisse.
Comment reconnaître un logiciel allemand
EÜR, ELSTER, GoBD, export DATEV, prix uniquement en euros, 19 % et 7 %. La TVA suisse connaît 8,1 %, 2,6 % et 3,8 %, et aucun logiciel allemand ne crée la section paiement QR.
D'autres logiciels comptables suisses
De vrais logiciels suisses avec facture QR et TVA. Absents de mon top 5, le plus souvent faute d'app ou parce qu'ils sont faits pour les pros de la compta et les PME.
Banana
Comptabilité double façon tableur. Gratuit jusqu'à 70 écritures, puis dès CHF 89/an.
CashCtrl
Compta financière complète, bonne version gratuite. Web seulement, 4e au test.
Pebe Live
Compta cloud classique pour PME et fiduciaires, pas pour les indépendants solo.
KLARA
Gestion PME : facturation, caisse, boutique, salaires. Beaucoup pour un solo.
Smallinvoice
Beaucoup de fonctions pour un petit prix, dernier au test de clics.
Comparé, choisi, adopté
4.8 sur 5 sur la base de 207+ avis publics. Trois indépendants qui voient la différence avec les autres logiciels.
“En tant que sage-femme indépendante et mère, j'ai peu de temps et de connaissances pour maintenir une comptabilité structurée et maintenir mes dépenses professionnelles à jour. Contrairement à d'autres logiciels, Magic Heidi est facile d'utilisation et peut être rapidement adapté à sa situation.”
“Un programme simple à utiliser avec une prise en main rapide et surtout beaucoup plus moderne que les gros programmes lourds. Bravo et merci”
“J'aime vraiment la simplicité de Magic Heidi. Ce n'est pas un logiciel trop compliqué avec des millions de boutons et de menus. […] La configuration initiale a été très facile, ne prenant que quelques minutes.”
Questions sur les logiciels de comptabilité
Quel est le meilleur logiciel de comptabilité en Suisse ?
Celui qui correspond à ton profil. Pour la plupart des raisons individuelles sans employés, c'est Magic Heidi, avec le moins de clics dans notre test. Pour les PME avec salaires et bilan, c'est bexio, et pour les connaisseurs de la compta avec un petit budget, Banana. Il n'y a pas de vainqueur unique pour tout le monde, mais les logiciels allemands comme sevdesk ou Lexware Office sont hors jeu en Suisse.
Quel est le logiciel de comptabilité le plus simple ?
Dans le test de clics de janvier 2026, c'était Magic Heidi, avec le moins de clics pour l'onboarding, une facture QR et une dépense avec justificatif. Les chiffres des six outils et les vidéos sont plus haut dans le test de clics, tu peux recompter toi-même.
Quel est le meilleur logiciel de comptabilité gratuit en Suisse ?
Swiss21 (AbaNinja) a la version gratuite la plus généreuse, avec jusqu'à 1'000 documents par an. Banana est gratuit jusqu'à 70 écritures, CashCtrl propose une version gratuite pour la compta de base. Magic Heidi offre 3 factures et 3 justificatifs au total, mais avec toutes les fonctions et sans carte de crédit. Plus d'infos dans le comparatif des logiciels de facturation gratuits.
Quel logiciel de tenue des comptes pour une raison individuelle ?
Un logiciel qui gère proprement la comptabilité simplifiée au lieu de te torturer avec le débit et le crédit. Les logiciels de comptabilité les plus simples pour ça sont Magic Heidi ou Milkee. Vérifie la facture QR, les taux de TVA suisses (8,1 %, 2,6 %, 3,8 %), la saisie des justificatifs et un export pour ta déclaration d'impôt. Plus sur la comptabilité d'une raison individuelle.
Dois-je tenir une comptabilité double en tant qu'indépendant ?
Non, pas en raison individuelle sous CHF 500'000 de chiffre d'affaires. Une comptabilité simplifiée des recettes, des dépenses et de la situation patrimoniale suffit (art. 957 CO). La comptabilité double avec bilan est obligatoire dès CHF 500'000 de chiffre d'affaires, et pour une Sàrl ou une SA quel que soit le chiffre d'affaires.
Et si ma raison individuelle devient une Sàrl ?
Il te faut alors une comptabilité double, et des employés ont besoin de fiches de salaire avec les assurances sociales. Soit tu passes à bexio ou à Milkee, soit tu continues à facturer avec Magic Heidi et tu donnes accès à ton fiduciaire pour le bouclement. Les salaires, tu les calcules avec un logiciel de salaires et tu saisis le salaire brut comme dépense. Plus d'infos dans notre guide du bouclement annuel d'une Sàrl.
À partir de quand dois-je facturer la TVA en tant qu'indépendant ?
Dès CHF 100'000 de chiffre d'affaires annuel, tu dois t'inscrire auprès de l'AFC, en dessous non. Une fois assujetti, Magic Heidi calcule les taux (8,1 %, 2,6 %, 3,8 %) sur chaque facture et prépare les chiffres pour l'ePortal. Plus sur la TVA pour indépendants.
Puis-je faire ma comptabilité sans fiduciaire ?
Oui. En raison individuelle sous CHF 500'000 de chiffre d'affaires, la comptabilité simplifiée suffit, et tu peux très bien la tenir toi-même. Garde tes factures et justificatifs en ordre pendant l'année, et ta déclaration d'impôt est vite faite. Un fiduciaire est surtout utile pour une Sàrl, des employés ou une comptabilité double, et tu peux lui donner directement accès à Magic Heidi.
Puis-je utiliser sevdesk ou Lexware Office en Suisse ?
Je te le déconseille. sevdesk écrit lui-même que son logiciel est conçu pour les entreprises établies en Allemagne ou en Autriche, et Lexware Office fonctionne en euros selon le droit fiscal allemand (EÜR, ELSTER). Aucun des deux ne crée de facture QR suisse ni de décompte TVA pour l'AFC. Même constat pour WISO MeinBüro, BuchhaltungsButler et Papierkram.
À quoi faire attention dans un comparatif de logiciels de comptabilité ?
Commence par rayer toutes les fonctions dont tu n'as pas besoin, et calcule le prix sur trois ans, modules compris. Pendant l'essai, pose une vraie question au support, idéalement un vendredi après-midi. Crée une vraie facture et chronomètre-toi. Et vérifie que tu peux exporter toutes tes données avec les justificatifs, et où elles sont stockées ; chez Magic Heidi, à Zurich (Sécurité).
Un comparatif écrit par le fondateur de Magic Heidi peut-il être neutre ?
Question légitime, j'ai un parti pris. C'est pourquoi le verdict repose sur des éléments vérifiables : des clics filmés, des prix datés, et là où bexio, Milkee ou Swiss21 conviennent mieux, c'est écrit ici. Le test le plus honnête reste le tien : commence gratuitement avec Magic Heidi, sans carte de crédit.
Compte les clics toi-même
Gratuit, sans carte de crédit : 3 factures et 3 justificatifs avec toutes les fonctions. Pro avec garantie satisfait ou remboursé de 30 jours. Nathan, le fondateur, répond souvent lui-même.

